L'absence de citronniers ancestraux dans la zone des piémonts himalayens (sud-ouest de la Chine et nord-est de l'Inde), région d'où sont issus les cédratiers, ne permet pas de localiser avec précision une zone d'origine des citronniers. Comme de nombreux agrumes, ils ont connu au cours des siècles une migration vers l'Ouest associée à l'histoire des activités humaines, via la Perse et le Moyen-Orient, avant d'atteindre le Bassin méditerranéen. La culture des citronniers s'est développée au cours du second millénaire de notre ère dans le Bassin méditerranéen, d'abord à la suite des conquêtes arabes sur la rive sud de la Méditerranée et dans le sud de la péninsule hispanique, ultérieurement sous l'influence des Croisés en Italie et sur la rive nord méditerranéenne.