Les comptages de crottes sont largement utilisés pour estimer l'abondance et la densité des céphalophes dans les forêts tropicales africaines. Cependant, une des limites importantes de cette méthode est que l'identification de l'espèce basée sur les caractéristiques morphologiques des excréments est extrêmement difficile dans la plupart des cas. Certains auteurs émettent l'hypothèse qu'il est au moins possible de distinguer entre les crottes de céphalophes bleus, du Natal et à dos jaune. Cependant, cette étude est la première tentative de tester la fiabilité de l'identification sur le terrain. Dans cette étude, nous suggérons une méthode basée sur un protocole génétique non invasif pour identifier l'espèce correspondant aux crottes. La comparaison entre identifications de terrain et génétiques montre que seules les crottes de Cephalophus silvicultor ont identifiées sans erreur sur le terrain. Le taux d'erreurs est élevé pour le céphalophe du Natal et le céphalophe bleu, et toute tentative pour faire la distinction entre ces espèces aboutirait à de fausses estimations pour les deux espèces. Nous recommandons de faire des analyses d'ADN pour s'assurer que l'identification des espèces est fiable lorsque l'on a recours aux comptages de crottes pour le recensement des céphalophes. Cet input méthodologique va probablement consolider la technique de comptage des crottes et augmenter sa fiabilité dans les estimations de l'abondance des espèces de céphalophes et dans les études de leur distribution spatiale.