L'espèce Xanthomonas citri est composée de plusieurs pathovars d'importance économique majeure (e.g. pvs. citri, mangiferaeindicae, glycines et malvacearum). Pour apporter une dimension populationnelle aux travaux visant à mieux connaître l'épidémiologie de ces agents pathogènes, des méthodes de typage moléculaire à fort pouvoir discriminant sont nécessaires. Les méthodes de référence actuellement utilisées sont l'AFLP et la LM-PCR ciblant des séquences insertionnelles. L'utilisation d'un schéma MLST n'est pas pertinente chez cette espèce du fait du très faible polymorphisme détecté dans une dizaine de gènes de ménage. Nous avons développé un schéma MLVA (Multi Locus Variable number of tandem repeats Analysis) de typage basée sur l'utilisation de 14 loci minisatellites identifiés à partir de la séquence totale de X. citri pv. citri souche 306. Cette méthode cible des loci physiquement cartographiés chez la souche séquencée et répartis de façon homogène sur le chromosome bactérien. Cette méthode a également le potentiel d'une grande reproductibilité inter-laboratoires, contrairement aux méthodes basées sur I'AFLP. La technique a été développée sous la forme d'une PCR multiplex et est applicable sur toutes les souches de tous les pathovars de X. citri testés. Le typage d'une collection de souches des pvs. citri et mangiferaeindicae a mis en évidence la parfaite reproductibilité de cette technique et un pouvoir discriminant supérieur à I'AFLP et à l'IS-LM-PCR. La diversité allélique entre loci s'est avérée fortement variable. La MLVA est donc une technique prometteuse en épidémiologie moléculaire chez l'espèce X. citri. (Texte intégral)