Prenant en compte le contexte international des productions halieutiques, cet article propose des orientations de recherche dans le domaine de la pisciculture. Il s'agit principalement de recherches sur la maîtrise de la qualité des milieux aquacoles, en particulier de milieux littoraux et des eaux continentales, qui intègrent la question des impacts négatifs de certaines formes d'aquaculture en vue de contribuer à préserver à la fois la qualité des produits et le potentiel de production aquacole à long terme. Des recherches pluridisciplinaires sur l'alimentation et la lutte contre les bioagresseurs, prenant en compte les spécificités des systèmes aquacoles, en particulier celles des systèmes extensifs, sont également proposées. Accompagner les initiatives visant à définir et mettre en oeuvre des systèmes aquacoles répondant, aux yeux des citoyens-consommateurs, aux divers critères de la durabilité et préservant l'image favorable des produits aquatiques est également un enjeu important. Nous insistons enfin sur deux aspects liés aux relations entre les populations naturelles et les populations aquacoles et qui posent des questions de recherche originales : celui de la domestication des espèces et, à l'inverse, celui des divers impacts des individus échappés d'élevage ou délibérément relâchés.