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Balayage du génome et évaluation du déséquilibre de liaison chez le sorgho à l'échelle mondiale et à l'échelle régionale du Mali

Bouchet S.. 2008. Montpellier : UM2, 178 p.. Thèse de doctorat -- Evolution, écologie, ressources génétiques, paléontologie.

Le cadre général de la thèse est l'exploration des possibilités offertes par le déséquilibre de liaison (DL) chez le sorgho afin de repérer des facteurs génétiques importants. Le DL global existant entre des marqueurs non liés est dû à la structure de la population. L'étendue du DL local dû à la liaison physique entre marqueurs liés détermine la densité de marqueurs nécessaire pour engager des études d'association ainsi que la résolution attendue de ces analyses. Le sorgho est une céréale annuelle essentiellement autogame, domestiquée dans la partie Nord-Est de l'Afrique subsahélienne. Elle est la 5ème céréale mondiale en termes de production. Le travail de thèse s'est focalisé sur une Core collection mondiale de 210 sorghos cultivés et une collection malienne composée de 420 variétés locales et de 80 sorghos sauvages. Des marqueurs pan-génomiques dominants de type DArT (Diversity Array Technology) ont été produits en collaboration avec la compagnie DArT P/L localisée à Canberra, Australie. 961 marqueurs DArT polymorphes ont été révélés dans la Core collection et 575 dans la collection malienne, 546 étaient communs aux deux collections. Les DArT comme les RFLP ou les SSR font apparaître six principaux groupes génétiques consensus au sein de la Core collection mondiale de sorghos cultivés, correspondant généralement à des combinaisons de race et d'origine géographique. Les SSR ont une capacité supérieure à reconnaître des groupes à un niveau plus fin, alors que les DArT présentent par construction la limitation de ne pas prendre en considération les polymorphismes à allèle rare. Ceci ne pénalise cependant pas leur intérêt pour des études d'association. Le DL a pu être analysé en détail grâce au positionnement des marqueurs DArT sur la séquence du sorgho récemment rendue disponible. La structure observée au sein de la core collection mondiale et au sein de la collection malienne induisent un DL global important. Le DL local est faible dans les deux collections, dans leur globalité ou des différents sous-ensembles testés; il disparaît de façon assez stable au-delà d'un Mb. Seul un cas de DL peut-être dû à introgression et/ou sélection sur plus de 6 Mb et 29 cM a été trouvé au sein de la race guinea du Mali; impliquant trop peu de génotypes, son origine reste cependant incertaine. La cartographie de facteurs génétiques par étude d'association avec des marqueurs anonymes nécessitera d'augmenter encore le nombre de marqueurs à plusieurs milliers. (Résumé d'auteur)

Mots-clés : rflp; génome; génétique des populations; collection de matériel génétique; polymorphisme génétique; marqueur génétique; sorghum bicolor; sorghum; mali; monde; ssr

Thématique : Génétique et amélioration des plantes

Thèse