Xanthomonas citri pv. mangiferaeindicae (Xcm) est une bactérie pathogène de deux espèces de la famille des Anacardiacées : une espèce cultivée, le manguier et une peste végétale, le faux poivrier, fréquemment rencontrée en bordure de vergers. Des études d'inoculations croisées ont montré que leur pouvoir pathogène présente une spécialisation d'hôte : les souches originaires de manguier sont peu agressives sur faux poivrier et inversement. Une forte spécialisation pouvant parfois mener à une spéciation en sympatrie, quelles sont les conséquences de cette spécialisation sur les populations naturelles du pathogène ? Existe-t-il une structuration des populations de Xanthomonas présentes sur ces deux plantes ? En quoi la connaissance d'une éventuelle structure permet d'inférer l'histoire évolutive entre ces deux types de souches ? Pour répondre à ces questions, nous avons analysé la diversité génétique de souches isolées de manguier et faux poivrier dans trois localités. Nous avons choisi une approche MLVA (MultiLocus Vntr Analysis) pour son fort pouvoir discriminant et pour la pertinence du modèle évolutif sous-jacent. Douze séquences minisatellites identifiées à partir du génome de X. c. pv. citri ont été utilisées dans cette étude. La diversité génétique moyenne mesurée pour ces populations est plus élevée sur manguier que sur faux poivrier. Les indices de différenciation génétique et l'analyse des complexes clonaux montrent que la différenciation est plus forte entre populations issues d'hôtes différents qu'entre localités. Les distances génétiques entre souches sont cependant faibles, confirmant la proximité génétique des deux types de souches qui appartiennent au même pathovar. Les populations forment un continuum génétique : certaines souches isolées de manguier sont plus proches de souches de faux poivrier que d'autres souches de manguier. La spécialisation d'hôte de Xcm semble être un événement récent n'ayant pas abouti à un phénomène de spéciation.