Publications des agents du Cirad

Cirad

Une PCR en temps réel pour détecter Xanthomonas axonopodis pv. allii dans les semences d'oignon : [N° 22]

Escalon A., Robène-Soustrade I., Pruvost O.. 2010. In : Neuvièmes Rencontres plantes-bactéries, 18-22 janvier 2010, Aussois (France) : résumés. Paris : SFP, p. 88-88. Rencontres plantes-bactéries. 9, 2010-01-18/2010-01-22, Aussois (France).

Le dépérissement bactérien des alliacées est provoqué par Xanthomonas axonopodis pv. allii. Cette bàctérie est transmissible par semences, et ce mode de propagation explique en partie le caractère d'émergence de la maladie au niveau mondial. Cette bactérie, actuellement absente d'Europe, est en cours d'inscription sur la liste Al d'organismes de quarantaine de l'OEPP. Afm de disposer d'un outil fiable capable de détecter spécifiquement la bactérie dans les semences d'oignon nous avons développé une Triplex PCR quantitative basée sur la technologie Tagman®. Ce test met en jeu l'amplification d'un témoin interne choisi dans le gène de la NADH deshydrogenase des alliacées et de deux marqueurs spécifiques de Xanthomonas axonopodis pv. allii. Suivant les souches, l'un ou l'autre des marqueurs ou bien les deux sont amplifiés. En jouant sur quelques mutations, ce système permet d'exclure certaines souches appartenant au même sous-groupe génétique 9.2, qui possèdent également l'un des deux marqueurs. La spécificité du test a été validée sur 80 souches de Xanthomonas axonopodis pv allii et 120 souches bactériennes non cibles (autres genres, espèces, pathovars et souches saprophytes). Nous avons pu établir des gammes d'étalonnage à fort coefficient de corrélation (r'" > 0,99) et présentant une efficacité d'amplification supérieure à 90% à partir de suspensions bactériennes (10' à 103 CFU/ml) et d'ADN extrait (20 ng à 20 pg). Une détection conjointe optimale de l'ADN bactérien et du témoin d'amplification végétal de PCR a été obtenue en broyant un macérat de semences à l'aide d'un homogénéisateur de laboratoire (Stomacher®) suivi d'une extraction à l'aide du kit DNeasy Plant minikit (Qiagen). Une phase de validation du test est en cours sur lots de semences artificiellement et naturellement contaminés. Cet outil sera utile pour une surveillance efficace de la présence de cet organisme de quarantaine dans les lots de semences au cours des échanges internationaux.

Mots-clés : xanthomonas; allium cepa; réunion; europe; france; xanthomonas axonopodis pv. allii

Communication de congrès

Agents Cirad, auteurs de cette publication :