Un projet international visant au séquençage d'une importante collection de 180 000 clones ADNc de cacao enrichis en pleine longueur, représentant des gènes exprimés dans T. cacao L. a été réalisé. Ces clones ont été isolés principalement à partir de deux génotypes, Scavina6 et ICS1, et à partir de différents organes avec et/ou sans traitement avec divers stress biotiques et abiotiques. Environ 45 bibliothèques d'ADNc ont été élaborées à partir d'une large gamme d'organes : fleurs (auto-pollinisées et avec pollinisation croisée), coussinets floraux, graines à différents stades de développement et durant la fermentation, cherelles, cortex de cabosse, pousses, bois, racines, graines germées et embryons de culture in vitro. Des bibliothèques ont également été construites à partir d'organes soumis à des stress biotiques : feuilles et cabosses inoculées avec Phytophthora palmivora et megakarya, tiges et cabosses inoculées avec Crinipellis perniciosa, cabosse inoculée avec Moniliophthora roreri, tige inoculée avec Ceratocystis fimbriata, cabosses inoculées avec des endophytes utilisés pour la lutte biologique, et tiges attaquées par des mirides. Des bibliothèques d'hybridations soustractives suppressives (SSH) ont aussi été généralement construites à partir de ces interactions avec des pathogènes végétaux pour faciliter l'identification ultérieure de gènes de résistance ou de défense exprimés dans le cacaoyer au cours d'infections par les pathogènes. Par ailleurs, deux bibliothèques SSH ont été réalisées pour les fleurs en utilisant les deux conditions à la fois comme sondes et comme pilotes. Des bibliothèques ont également été établies à partir de boutures dans des conditions de sécheresse. La construction et la gestion des bibliothèques d'ADNc, le "picking" et la réplication ont été réalisés avec l'aide de la plate-forme robotique, au sein du " GENOPOLE Languedoc-Roussillon ". Tous le travail de séquençage a été réalisé par le GENOSCOPE (Ivry), le Centre natio