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Association mapping on cocoa: A way to identify functional SSR markers linked to yield, tolerance to black pod and mirids assessed in Cameroon and develop a marker assisted breeding program

Sounigo O., Efombagn B., Lemainque A., Pavek S., Fouet O., Nsouga Amougou F., Yédé, Babin R., Ten Hoopen G.M., Courtois B., Lanaud C.. 2010. In : 16th International Cocoa Research Conference. Proceedings : towards rational cocoa production and efficient use ofr a sustainable world cocoa economy. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, p. 153-158. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 16, 2009-11-16/2009-11-21, Bali (Indonésie).

Une étude de cartographie par association a été engagée de façon collaborative entre le Cameroun et la France en 2005. Elle visait à identifier les régions du génome qui contrôlent les caractères d'intérêt agronomique du cacao et les marqueurs moléculaires utilisables pour un programme de sélection assistée par marqueurs. Cette étude a été menée sur une population composée de 263 cacaoyers plantés dans une exploitation cacaoyère, et provenant de 12 descendants pleins-frères disponibles dans le commerce. Ces arbres ont été analysés à l'aide de 125 marqueurs SSR définis dans des gènes exprimés et cartographiés sur les dix chromosomes du cacaoyer. Le logiciel STRUCTURE a été utilisé pour déterminer le nombre de sous-populations dans la population choisie et le pourcentage de mélange génétique de chaque arbre. Le logiciel TASSEL a été utilisé pour réaliser une cartographie par association entre les phénotypes et génotypes en prenant en compte les pourcentages de mélange génétique, afin d'identifier les marqueurs moléculaires liés à l'intensité de la floraison, au rendement, au nombre moyen de fèves par cabosse, au poids moyen d'une fève, à la tolérance à Phytophthora megakarya et à la tolérance aux mirides. Plusieurs associations significatives entre les marqueurs moléculaires et ces caractéristiques ont été identifiés, dont certains correspondent aux QTL (loci de caractères quantitatifs) identifiés dans des analyses antérieures. L'utilisation de ces résultats dans un programme de sélection assistée par marqueurs (MAS) engagé récemment au Cameroun est analysée.

Mots-clés : theobroma cacao; phytophthora; miridae; cameroun; pourriture des cabosses

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