Nous défendons dans cette étude l'idée que l'intégration doit jouer à l'avenir un rôle central dans les recherches sur l'agriculture, l'alimentation et la gestion des territoires ruraux. Trois domaines où cette question de l'intégration nous semble particulièrement stratégique sont examinés. Le premier est celui des différentes échelles spatio-temporelles auxquelles se déroulent les processus agronomiques. Nous insistons sur le potentiel d'innovation que présente la combinaison pertinente d'actions à ces différents niveaux. Le second est celui de l'intégration des disciplines "biotechniques" et "sociétales" pour prendre en compte le caractère "hybride" de nombreux objets agronomiques, qu'il s'agisse de l'alimentation, des OGM ou du génie écologique. Le dernier domaine évoqué est celui des acteurs impliqués dans les processus agricoles au sens large - ou concernés par eux - et de leur diversité croissante, qui oblige à comprendre les logiques d'action de ces différents acteurs pour analyser des phénomènes comme le développement d'espèces invasives, les conflits d'usage pour la gestion d'une ressource ou pour faire interagir savoirs profanes et savoirs experts dans la production d'innovations. La dernière partie de cette étude propose cinq interrogations-clés pouvant baliser une démarche d'intégration. La première concerne les finalités, c'est-à-dire les enjeux visés par une telle approche. Elle s'articule autour du dilemme entre l'optimisation agronomique classique, en univers prévisible et, souvent, monocritère, et la recherche d'autre propriétés, viabilité en univers incertain ou critères du développement durable. La seconde interrogation porte sur les composantes que l'on souhaite intégrer, avec la question de l'usage pertinent du principe de parcimonie et celle d'une anticipation du comportement de composantes biologiques ou sociales, et donc évolutives, lorsqu'elles seront impliquées dans un processus d'intégration. Vient ensuite la question de la définition de