L'introduction commerciale des cotonniers génétiquement modifiés (CGM), produisant les toxines insecticides de Bacillus thuringiensis (Bt), dans les pays en développement et notamment en Afrique, suscite des craintes de la part de la société civile au sujet de leur impact sur l'environnement et l'économie des petits paysannats. L'objectif de la thèse est de proposer, sur la base d'une revue bibliographique et d'une série d'études originales réalisées en Afrique du Sud et publiées par l'auteur dans des revues scientifiques, un outil d'aide à la décision basé sur des critères techniques et scientifiques permettant de juger l'intérêt de l'adoption des variétés de cotonniers Bt en paysannat africain. Dans un premier temps nous présentons un état des lieux de la production cotonnière à l'échelle mondiale ainsi que les modalités de la culture en Afrique. Cet inventaire permettra par la suite d'établir un état des besoins nécessaire à l'élaboration du cadre de décision. Dans un deuxième temps, l'importance des cotonniers Bt dans l'agriculture, leur efficacité agronomique et leurs effets sur l'environnement sont discutés. Nous mettons en exergue le risque potentiel d'une réduction de l'efficacité de ces CGM sous l'influence de facteurs abiotiques tels que la sécheresse. Les recherches effectuées sur l'impact environnemental des cotonniers Bt montrent que ceux-ci n'ont pas d'effet direct sur la biodiversité. Cependant les pratiques agricoles mal adaptées en conjonction avec l'usage de cette innovation peuvent entraîner des modifications de la diversité et de l'abondance de l'entomofaune des agrosystèmes cotonniers. Concernant les flux de gènes et la probabilité de mélange non intentionnel de semences entre cultures Bt et non-Bt, huit sources potentielles de mélange ont été identifiées et leurs conséquences sont discutées. L'impact agroéconomique de l'introduction des cotonniers Bt est étudié dans un troisième temps. Les études entreprises en Afrique du Sud suggèrent que ces