Ferramentas biotecnológicas, como os marcadores moleculares, aumentam a eficiência do processo de melhoramento de plantas perenes, possibilitando uma seleção precoce e mais precisa. Os polimorfismos de modificações nucleotidicas (SNPs - Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs - Insertion/Deletions) se tornaram a principal escolha de marcadores devido à alta frequência no genoma. Esses polimorfismos podem ser detectados através da análise de ESTs disponíveis (análise in silico) ou pela busca em genes candidatos (análise in vivo). Os objetivos deste trabalho são a análise da diversidade nucleotídica in vivo de 19 fragmentos de genes, relacionados principalmente ao metabolismo de açúcares e diterpenos, e a comparação desses resultados com a análise in silico dos EST disponíveis. Para a análise in vivo, a diversidade foi avaliada num painel de genótipos representativos da diversidade de C. arabica (12 genótipos) e C. canephora (oito genótipos). Em paralelo, foram avaliadas as divergências dessas duas espécies com C. eugenioides, C. racemosa e Psilanthus bengalensis. O sequenciamento foi realizado usando os produtos PCR, sem clonagem. O alinhamento foi realizado no programa Codon Code Aligner, seguido da detecção manual dos polimorfismos. A análise de três fragmentos que codificam para dois genes (sacarose sintase-2 e sacarose-fosfato sintase), para um comprimento total de 2334 pb analisado, permitiu a identificação de 100 polimorfismos (principalmente SNPs) entre 21 genótipos de Coffea e Psilanthus, sendo 38 polimorfismos entre C. canephora e C. eugenioides (22 sendo também detectados em C. arabica), 36 entre genótipos de C. canephora e 21 entre P. bengalensis e Coffea spp. Os resultados indicam que os dois genes não apresentam os mesmos níveis de diversidade, sugerindo que eles não são submetidos às mesmas pressões de seleção. Apesar de ser um planta autógama e de origem recente, a C. arabica, espécie alopoliplóide, apresenta grande número de polimorfismos, a maioria c