Au Maroc, une pratique culturale traditionnelle, les agroforêts, repose sur l'association d'essences ligneuses telles que l'arganier ou le caroubier à des cultures de production agricole (orge, blé...) ou maraîchère (haricot, fève...) très diversifiées. Toutefois, sous l'effet combiné de pressions anthropiques directes et indirectes, ces pratiques agroforestières ont tendance à disparaître. Souvent peu gourmandes en eau, elles représentent pourtant une opportunité unique de ressources financières pour les populations rurales. La mise en oeuvre d'un programme visant à créer, restaurer ou maintenir ces agroforêts exige la prise en compte des communautés microbiennes associées aux plantes et l'étude de leur rôle dans le fonctionnement de ce système. L'objectif de ce travail est donc de décrire la diversité des communautés microbiennes associées aux cultures vivrières (espèces mycorhizées fixatrices d'azote ou non, jachère non cultivée) et d'en évaluer l'impact sur les communautés microbiennes associées aux ligneux. La structure et la diversité de la communauté bactérienne et des champignons endomycorhiziens associées aux essences ligneuses et aux cultures vivrières sont révélées par PCR-DGGE par amplification des ADNr 16S et 18S spécifiques. L'arganier et le caroubier n'étant pas des plantes nodulées, nous avons recherché l'existence d'une population bactérienne possédant les gènes nif et associée aux espèces mycorhiziennes détectées. Pour cela nous avons analysé la diversité de ces populations en ciblant le gène nifH par PCR-DGGE (spore individuelle, mélange de spores, sol, racines), en relation avec les différents taxons mycorhiziens identifiés. Ces résultats seront confrontés aux performances de croissance de ces 2 espèces ligneuses et à leur aptitude à se régénérer spontanément. (Texte intégral)