La lutte anti vectorielle basée sur l'utilisation des moustiquaires Imprégnées d'insecticides et/ou de pulvérisations intra domiciliaires est l'une des stratégies majeures de prévention contre le paludisme. Dans sa mise en oeuvrc à travers les programmes nationaux de lutte contre le paludisme, deux difficultés majeures apparaissent: i) la faisabilité opérationnelle (acceptabilité et utilisation correcte de ces outils) et surtout ii) la résistance des vecteurs aux pyréthrinoides, principaux insecticides utilisés en santé publique. La résistance des vecteurs a été souvent associée à l'utilisation intensive des insecticides en agriculture notamment dans la lutte contre les ravageurs du cotonnier. L'objectif de la présente est d'étudier l'évolution de la résistance d'An. gambiae s.l. en fonction des degrés d'utilisation d'insecticides et de l'ancienneté des zones cotonnières au Burkina Faso. Des tests de sensibilité au DDT +%, à la perméthrine 1%, la deltaméthrine 0,05% et au bendiocarb 1% ont été réalisés en tube OMS avec des spécimens d'An. gambiae sI collectées sur 26 sites entre 2008 et 2009. L'identification des espèces, des formes moléculaires M et S et la détection des mutations kdr et ace-1" ont été effectuées par PCR sur les spécimens vivants et morts issus de l'exposition aux différents insecticides. Les résultats ont montré que les populations d'An. gambiae s.l. étaient résistantes à tous les insecticides testés dans tous les sites à l'Ouest du pays tandis qu'elles montraient une résistance intermédiaire à la deltaméthrine et au bendiocarb dans les zones cotonnières les plus récentes, La fréquence allélique du kdr a été observée à un niveau très élevé chez la forme S d'An. gambiae variant entre 98 à 80 % dans le bassin cotonnier classique. Elle a été observée à un niveau moyen de ·10% à l'échelle du pays (avec un maximum de 95% à l'Ouest du pays) alors qu'elle n'avait été observée chez cette forme que dans une seule localité à VK7 à une fréquence de 4