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Mapping a new set of gene-based markers to identify candidate genes controlling useful traits in T. cacao

Fouet O., Argout X., Allègre M., Risterucci A.M., Courtois B., Sabau X., Tahi G.M., Pavek S., Lemainque A., Boland-Auge A., Lanaud C.. 2010. In : 16th International Cocoa Research Conference. Proceedings : towards rational cocoa production and efficient use ofr a sustainable world cocoa economy. Lagos : Cocoa Producers' Alliance, p. 173-178. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 16, 2009-11-16/2009-11-21, Bali (Indonésie).

L'identification des gènes candidats (CG) responsables des variations des caractéristiques figure parmi les principaux objectifs des études génétiques moléculaires actuelles. Elle permettra une meilleure compréhension du contrôle génétique des caractéristiques utiles importantes du cacao, et fournira des outils moléculaires pour améliorer l'efficacité de la sélection assistée par marqueurs (MAS). Une importante étape vers la validation des CG consiste à identifier des colocalisations entre des QTL et des gènes candidats. Dans ce but, la cartographie d'un vaste ensemble de CG a été entreprise à partir des SSR et des SNP détectés dans les gènes candidats. Une grande collection de séquences EST (étiquette de séquence exprimée) a été récemment produite après le séquençage de plusieurs bibliothèques d'ADNc construites au CIRAD dans le cadre d'un projet international. Des SSR ont été isolés dans un ensemble de 314 gènes de cacaoyer homologues à des gènes avec une fonction connue ou putative identifiée chez d'autres espèces. Ces EST-SSR ont été analysés pour leur capacité à révéler un polymorphisme entre les parents de la carte du cacao de référence UPA402 x UF676. Un ensemble de 174 EST-SSR polymorphiques correspondant à une vaste gamme de classes de gènes définies par le projet Gene Ontology ont été identifiés. Parmi eux, 115 loci EST-SSR ont été cartographiés sur la carte de référence avec le logiciel JoinMap 4.0. Cette nouvelle carte de référence contient 388 marqueurs SSR facilement transférables entre les différentes populations de cartographie. Les SNP détectés chez des gènes candidats supplémentaires, potentiellement impliqués dans des variations de caractéristiques utiles ont été cartographiés en HRM (fusion haute résolution) et leur position a été comparée avec des positions de QTL. Ce nouvel ensemble de gènes candidats cartographiés sera utile pour toutes les analyses génétiques telles que la caractérisation moléculaire, la cartographie, la détection des QTL, le déséquilibre de liaison et les analyse de cartographie d'association, et faciliteront la sélection assistée par marqueurs chez T. cacao.

Mots-clés : theobroma cacao

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