En se basant sur l'effet cancérigène génotoxique des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), et en utilisant le benzo(a)pyrene (BaP) comme marqueur, la Commission européenne a fixe une limite maximale de 2 ppb pour les huiles et matières grasses destinées a la consommation humaine, qui est entrée en vigueur au 01/04/05. Reconnaissant la nécessite d'une enquête plus approfondie pour déterminer les niveaux raisonnablement atteignables, le beurre de cacao a été exempte temporairement jusqu'au 1/04/07, des résultats de recherche devant être présentés a l'échéance du 31/10/06. Des expériences mises en place pour tenter de contaminer intentionnellement les fèves de cacao ont été menées au Ghana. Un séchage sur plateau + feu et le stockage des fèves dans une atmosphère enfumée ou en sacs de jute contamines avec du diesel ont entraine une forte augmentation des teneurs en HAP. Dans le même temps, une enquête et un échantillonnage ont été effectues au Cameroun et en Indonésie. On peut en conclure que la principale cause de contamination par les HAP dans le cacao est la contamination des fèves par la fumée, pendant le séchage artificiel, et que l'essentiel de la contamination se trouve sur la coque. Une partie de la contamination des fèves de cacao décortiquées/du beurre de cacao se produit par une migration limitée des HAP jusqu'aux fèves, par la présence de fèves endommagées et d'une petite partie de la coque qui reste après le processus de décorticage. Quelques recommandations pour minimiser le problème de la contamination sont suggérées.