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Taxonomie et diagnostic des espèces de Xanthomonas associées à la gale bactérienne de la tomate et des Capsicum spp : situation dans les îles du Sud Ouest de l'océan Indien

Hamza A.A.. 2010. Saint-Denis : s.n., 245 p.. Thèse de doctorat -- Microbiologie. Phytopathologie.

La gale bactérienne des Solanées à graines est une maladie répandue dans la plupart des aires de production de tomate et des Capsicum spp. (piment, poivron) du monde. Elle est très sévère dans les régions tropicales et subtropicales et sa présence est récurrente dans la région Sud Ouest de l'Océan Indien. Cette maladie est complexe car cinq taxons sont actuellement reconnus comme agents causaux, X vesicatoria,X perforans, X gardneri, X euvesicatoria et X campestris pv. raphani. Néanmoins certaines études récentes suggèrent des synonymies de certaines de ces espèces entre elles et également avec d'autres Xanthomonas. Les objectifs principaux de la thèse étaient (1) l'analyse de la diversité sur une collection mondiale à l'aide des deux techniques moléculaires à haut débit, AFLP et MLSA, avec un accent particulier sur la diversité génétique et pathologique régionale (2) la description des relations phylogénétiques entre ces taxons et les autres Xanthomonas (3) la mise au point d'un outil d'identification rapide qui tienne compte de la diversité de l'agent pathogène et basé sur des marqueurs SCAR identifiés par AFLP. Une absence de congruence entre les topologies d'arbres dérivées des séquences de 4 gènes de ménage étudiés a été mise en évidence, de même que plusieurs évènements de recombinaison sur trois d'entre eux. Un inventaire des espèces trouvées dans les îles SWIO a pu être dressé, mettant à jour une grande diversité dans cette région. Nos données ont confirmé de fortes similarités génétiques entre X alfalfae, X euvesicatoria et X perforans d'une part et de X cynarae et X gardneri d'autre part, qui ont probablement le statut d'espèces-synonyme. (Résumé d'auteur)

Mots-clés : variation génétique; solanum lycopersicum; capsicum; xanthomonas; réunion; océan indien

Thématique : Maladies des plantes

Thèse