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Caractérisation moléculaire de la biodiversité fongique et identification précoce des champignons associés au phénomène de dépérissement des palmiers à huile, en particulier Ganoderma boninense

Gisbert J.. 2011. Montpellier : UM2, 42 p.. Mémoire de master -- Biologie, Géosciences, Agro-ressources et Environnement . Biotraçabilité biodétection biodiversité.

Dans cette étude, encore en cours, la biodiversité mondiale de Ganoderma boninense ainsi que d'autres champignons associés au dépérissement du palmier à huile est en train d'être déterminée. G. boninense est responsable de la pourriture de la base du stipe (BSR). Dans cet article, seuls les résultats concernant les échantillons indonésiens et bénins seront présentés. Pour la première fois, des tissus frais ont été utilisés pour extraire l'ADN total à partir de troncs de palmier à huile. Utilisant des amorces spécifiques des champignons ITS1 et ITS4, une PCR (polymerase chain reaction) a permis d'amplifier les régions ITS2 et ITS1, localisés au niveau de l'ADN ribosomique 5,8 S. ITS2 et ITS1 sont des régions polymorphes. Une fois les séquences obtenues et après une analyse Blast sur le site NCBI, les espèces correspondantes ont été déterminées. Ces résultats ont permis de construire des arbres phylogénétiques. D'après les premiers résultats, des défauts ont été détectés durant les expérimentations. Le protocole doit encore être amélioré afin de pouvoir obtenir des résultats acceptables.

Mots-clés : ganoderma; elaeis guineensis; france; indonésie; ganoderma boninense

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