Les données et les sources biologiques sont hétérogènes (syntaxe et sémantique), de plus en plus nombreuses et fortement évolutives. L'agrégation de données ayant de telles spécificités est complexe et nécessite le développement de solutions d'intégration. La médiation est une approche virtuelle simulant une intégration physique des données par l'utilisation d'adaptateurs interrogeant directement les sources de données dans leurs emplacements d'origine. Cependant, la création de ces adaptateurs est consommatrice de temps. Les travaux introduits dans ce mémoire proposent d'automatiser la création d'adaptateurs sémantiques, facilitant ainsi l'intégration et le partage de sources de données biologiques. Plus précisément, nous nous sommes intéressés au développement d'une méthodologie permettant d'automatiser au maximum l'intégration de bases de données relationnelles biologiques dans une plateforme d'intégration de type médiation. Notre approche se veut flexible, générique et automatisée. Pour cela nous nous appuyons sur des standards du Web Sémantique et des Services Web pour développer de manière automatisée des adaptateurs sémantiques de type Service Web Sémantique.