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Epidémiologie moléculaire, diversité génétique et phylogéographie des bégomovirus responsables de la maladie de la mosaïque du manioc à Madagascar

Harimalala M.A.. 2012. Saint-Denis : Université de la Réunion, 105 p.. Thèse de doctorat -- Sciences.

Le manioc est l'aliment de base d'un demi-milliard de personnes en Afrique. La maladie de la mosaïque ou cassava mosaic disease (CMD) causée par l'infection des bégomovirus du manioc ou cassava mosaic geminiviruses (CMGs) est une des contraintes majeures de sa culture en Afrique et à Madagascar. Ce travail de thèse traite (1) l'inventaire complet de la pression parasitaire virale sur la culture, (2) les principaux facteurs épidémiologiques de la CMD et (3) l'origine et le mode de diffusion des CMGs à Madagascar. Les campagnes d'échantillonnages ont permis de collecter des centaines d'échantillons foliaires de manioc et d'identifier les principaux facteurs épidémiologiques associés à la CMD. Une description sans précédent de six espèces de CMGs a été réalisée : African cassava mosaic virus (ACMV), East African cassava mosaic Cameroon virus (EACMCV), East African cassava mosaic Kenya virus (EACMKV), East African cassava mosaic virus (EACMV), South African cassava mosaic virus (SACMV) et une nouvelle espèce virale nommée Cassava mosaic Madagascar virus (CMMGV). La prévalence de la CMD et l'abondance de l'insecte vecteur Bemisia tabaci ont été corrélées avec l'altitude. Les régions les plus affectées par la CMD et B. tabaci sont principalement celles de basse altitude (< 200m). L'infection est très majoritairement liée à l'utilisation de boutures contaminées (95%). Par ailleurs, 21% des échantillons étaient coinfectés par deux voir quatre espèces de CMGs, avec des symptômes significativement plus sévères. L'EACMCV est plus fréquemment détectée en infection mixte à l'inverse de l'ACMV et du SACMV. La répartition géographique des CMGs est distincte. L'ACMV est prévalent en altitude (> 800m) sur les Hauts-Plateaux, tandis que les EACMV-like sont plus prévalent en basse altitude (0-200m) dans les zones côtières. Le replacement phylogénétique du CMMGV et l'analyse de recombinaison démontrent l'origine recombinante de ce virus. A l'exception des deux régions recombinant

Mots-clés : virus mosaïque manioc; manihot esculenta; geminiviridae; transmission des maladies; épidémiologie; phylogénie; génome; variation génétique; distribution géographique; diagnostic de laboratoire; bouture; morbidité; bemisia tabaci; altitude; microsatellite; begomovirus; madagascar; cassava mosaic madagascar virus; east african cassava mosaic cameroon virus; east african cassava mosaic kenya virus; african cassava mosaic virus; south african cassava mosaic virus

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