Moniliophthora (ex Crinipellis) perruciosa (Stahel) Singer (Aime e1 Phillips-Mora, 2005) est un basidiomycète hémibiotrophe (Theobroma cacao L.). responsable de la maladie des balais de sorcières (WBD) sur les cacaoyers (Theobroma cacao L). Étant donné l'importance des impact socio-économiques et environnementaux de la WBD sur les plantations cacaoyères dans la région de Bahia au Brésil, plusieurs études de génomique fonctionnelle sur l'interaction cacao-Moniliophthora pemiciosa ont été réalisées (Gesteira et al 2007; Argout et al. 2008, projets CEPLAC subventionnés par le FAPESB et CNPq). Ces programmes ont permis l'identification d'EST participant à la résistance du cacaoyer à la WBD, en fournissant un contexte pour détecter les marqueurs de polymorphisme (par ex. SNP) nécessaires pour des études supplémentaires comme des stratégies de sélection génétique, un pyramidage des gènes et une sélection assistée par marqueurs (MAS). Nous rendons compte de la recherche, de la validation et de la caractérisation de polymorphismes de nucléotides simples (SNP) dans les EST de l'interaction cacao - Moniliophthora perniciosa en utilisant le reséquençage de 73 gènes candidats dans des individus Sca 6, JCS 1, TSH 516 et 68 de la F2. Cette analyse a permis l'identification de 185 SNP, dont 57 % correspondent à des cas de transversion, 29% de transition et 14% à des " indels ". Les EST contenant les SNP ont été classés dans 14 catégories fonctionnelles principales. Au travers de la validation, 91 SNP ont été confirmés ; leur fréquence dans les régions codantes et non codant.es a été évaluée, et leurs positions dans l'ORF ainsi que la fréquence de SNP synonymes et non synonymes a été déterminée. Les paramètres de diversité des nucléotides et des haplotypes pour les SNP validés ont été calculés. La diversité génétique basée sur les haplotypes et le contenu d'information polymorphique (PIC) allaient de 0,559 à 0,56 et de 0,115 à 0,12 respectivement De plus, nous avons démontré l'avan