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Dernières avancées dans le séquençage du génome de Theobroma Cacao Criollo : nouvel assemblage, annotations et outils

Argout X., Aury J.M., Guiltinan M., Droc G., Gouzy J., Maximova S.N., Fouet O., Schuster S.C., Boccara M., Clément D., Tahi G.M., Gramacho K.P., Lanaud C.. 2012. In : 17th Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère : Résumés. Lagos : Alliance des Pays Producteurs de Cacao, p. 25-25. Conférence Internationale sur la Recherche Cacaoyère. 17, 2012-10-15/2012-10-20, Yaoundé (Cameroun).

Le 26 décembre 2010, le Consortium international pour le séquençage du génome du cacaoyer (International Cocoa Genome Sequencing Consortium -ICGS) a publié dans Nature Genetics la première séquence du génome de Theobroma cacao L. Le génotype choisi, le B97-61/B2, est une variété de Criollo qui apporte un arôme fin au chocolat. Cette première séquence comportait 76% de la couverture du génome et 67% de l'assemblage a été ancré dans une carte génétique à haute densité. Au cours de l'année qui vient de s'écouler, de nouveaux progrès ont été faits sur l'assemblage, l'annotation du génome et l'identification de familes de gènes. De plus, de nouveaux outils ont été développés pour Înieux exploiter la séquence. Un navigateur de génome a été cré pour permettre aux utilisateurs d'accéder à la séquence, de visualiser leurs antions (structure des gènes, fonction putative du gène, analyse génomiques comparatives, expression des gènes dans différents tissus/conditions, etc.) et interroger les données avec plusieurs sources biologiques, effectuer une comparaison de séquence et lancer une recherche par mots-clés. L'assemblage actuel représente 87,1% de la taile estimée du génome (430 Mb). Cet assemblage semble couvrir une très large proportion de l'euchromatine du génome de T cacao, permettant de récupérer 97,8% des ressources sur les unigènes (38 737 unigènes assemblés à partir de 715 457 séquences EST) dans l'assemblage du génome. Les annotations ont révélé 28 798 gènes codants de protéines panni lesquels 86,1% pourient être ancrés dans une carte génétique à haute densité. Seulement 20% du génome se composait d'éléments transposables, soit un pourcentage significativement inférieur à comparer à d'autres génomes de taille similaire. Cette séquence de génome va faciliter une meilleure compréhension de l'élaboration des caractéristiques et accélèrera la sélection de T. cacao par une sélection assistée par marqueurs efficace et l'exploitation des ressources génétiques. Le navigateur de génome est disponible gratuitement sur le site web suivant : http://cocoagendb.cirad.fr.

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