Cet article analyse les modalités par lesquelles des agriculteurs confrontés à des situations d'innovations radicales produisent des interprétations à propos de phénomènes agronomiques et biologiques complexes. Nous nous intéressons pour cela à des céréaliers cessant de labourer et/ou d'utiliser des engrais phosphorés, et qui misent sur le développement de processus biologiques au sein de leurs sols pour pallier l'abandon de ces pratiques conventionnelles. Nous montrons tout d'abord que pour qualifier l'activité méconnue d'entités vivantes (microorganismes, lombrics, champignons), invisibles à l'oeil nu ou enfouies en profondeur, ces agriculteurs développent de nouvelles prises sur leur environnement. Nous soulignons également que dans le contexte d'incertitude entourant ces innovations, la dimension temporelle du changement (processus, ruptures, mise en continuité) est essentielle dans la mise en récit que produisent les opérateurs sur leurs trajectoires et pratiques.