O Coffea canephora é uma das duas espécies cultivadas comercialmente no mundo. A produção nacional é muito importante, com uma produçao estimada a cerca de 26% do total de café beneficiado produzido no mundo para a safra de 2013. O estudo molecular da diversidade genética vem se demonstrando cada vez mais eficiente, necessário e refinado, uma vez que as técnicas moleculares estão evoluindo e os descritores morfológicos estão se tornando insuficientes para a descrição de um indivíduo. Os marcadores moleculares microssatélites ou SSR ("Simple Sequence Repeats"), são marcadores co-dominantes, utilizados com uma frequência cada vez maior para estudos de diversidade de populações. O objetivo desse trabalho foi avaliar a diversidade genética de cerca de 48 clones parentais de Coffea canephora var. Conilon presentes no Banco Ativo de Germoplasma - BAG do Incaper, bem como uma população de 266 plantas de Coffea canephora var. Conilon, correspondentes a uma descendência gerada por tais parentais, e mantidas no campo experimental da Embrapa Cerrados. O DNA genomico dessas plantas foi extraido, e analisado por PCR usando marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR). Os produtos de PCR foram analisados por meio do sequenciador automático (ABI 3130xl) para avaliar o tamanho dos fragmentos amplificados. Esses resultados permitiram demostrar que existe uma ampla variabilidade genética entre as plantas parentais e aquelas da população descendente. Os resultados permitiram também realizar uma análise de paternidade, utilizando-se o software Cervus, sendo possível identificar o parental com maior ocorrência (24,44% de frequência) na população descendente.