Le chancre asiatique des agrumes causé par Xanthomonas citri pv. citri est l'une des phytobactérioses majeures des cultures agrumicoles dans le monde. La mesure du fitness de souches bactériennes peut être une voie pour comprendre l'émergence de certaines souches responsables d'épidémies. Dans le but de mesurer une des composantes du fitness (i.e. la multiplication in planta) chez des souches invasives de Xcc appartenant au pathotype A, deux outils moléculaires ont été développés dans cette étude, la qPCR (ciblant l'ADN) et la qRTPCR (ciblant l'ARNm). La qRTPCR possède l'avantage de ne détecter que les bactéries viables. Des marqueurs d'ARNm sont ainsi évalués pour leur pertinence en tant que marqueurs de viabilité par des expérimentations de traitement à la chaleur en utilisant la technique de qRTPCR. Les deux techniques moléculaires ont ensuite été évaluées sur des cinétiques de croissance in vitro et in planta en parallèle avec une méthode conventionnelle de dénombrement sur milieu de culture, afin de comparer les différentes méthodes entre elles. Une absence de congruence a été constatée entre les concentrations bactériennes obtenues par la méthode de qRTPCR et celles obtenues par la méthode de dénombrement sur milieu de culture. Ces données suggèrent que la méthode de qRTPCR n'est pas appropriée pour quantifier de façon fiable les souches de Xcc étudiées ici. A l'inverse, une très bonne corrélation est trouvée entre les concentrations bactériennes obtenues par la méthode de qPCR et celles obtenues par la méthode de dénombrement sur milieu de culture. Cette étude montre que la meilleure alternative à la méthode microbiologique est la qPCR (plus rapide et moins fastidieuse) basée sur deux marqueurs discriminants que sont XAC-3776 et XAC-3780. L'intérêt majeur de cette méthode est la possibilité de réaliser des co-inoculations. Ainsi, les deux marqueurs trouvés ici, porteurs de mutations ponctuelles qui sont exploitables en technologie Taqman, permettront d'amplif