Les conséquences du changement climatique sur les caféiers sont difficiles à prévoir et dépendent du système de culture (allant de monocultures artificialisées à des associations agroforestières quasi naturelles), du sol et des ressources en eau. Ces conséquences se manifestent aussi sur les maladies et ravageurs. Les recherches portant sur l'adaptation au changement climatique concerne essentiellement les céréales, et peu d' efforts portent sur les cultures pérennes tropicales, chez lesquelles le stress peut affecter le comportement de la plante pendant plusieurs saisons. Certains parasites peuvent s'adapter plus vite que ne peut réagir la plante hôte pérenne et se répandre dans de nouveaux habitats à la faveur du changement climatique. L'objectif des travaux du Cirad en amélioration génétique du caféier est de disposer de cultures " en bonne santé ", c'est-à-dire plus résilientes et plus résistantes. Nous présentons des approches intégratives portant sur le fonctionnement du génome (transcriptomique, métabolomique, génomique, épigénétique) et de la plante entière et sur la réponse adaptative aux combinaisons de stress afin de proposer des cibles pour l'amélioration variétale appliquée à la résistance à la rouille du caféier, à la lutte contre les nématodes et à f adaptation à la sécheresse.