Le développement des biocarburants soutenu par la communauté internationale connait un essor depuis le début des années 2000 à l'échelle mondiale, pour réduire les émissions de gaz à effet de serre, répondre aux préoccupations énergétiques des pays industriels et diminuer la pauvreté énergétique dans les pays du Sud. Cette stratégie rencontre plusieurs controverses qui portent sur les impacts socio-économiques des biocarburants et les trajectoires technologiques les mieux adaptées aux besoins de développement des pays d'Afrique sub-saharienne. L'objectif de la thèse est de comprendre les déterminants des processus d'innovation technologique sur la production des biocarburants. La thèse pose pour cela deux hypothèses. La première hypothèse structurée par le croisement entre les théories de la transition et les analyses systémiques de l'innovation repose sur le déterminisme institutionnel des processus d'innovation qui structure l'émergence du secteur des biocarburants. La seconde hypothèse suppose que l'émergence et le développement du secteur bioénergétique résulte des conditions d'adoption micro-économiques et territoriales de la production des cultures énergétiques. Le test de ces hypothèses est réalisé en mobilisant un référentiel d'analyse en termes de système d'innovation dans le cas de la filière Jatropha au Burkina Faso. Les résultats soulignent que l'émergence des technologies biocarburants dans les pays d'Afrique subsaharienne est liée aux changements institutionnels induits par les crises énergétiques et environnementales. Ces changements institutionnels activent des ressources favorables à l'émergence et à la dissémination des technologies sur les biocarburants. Au Burkina Faso, ces changements sont impulsés par les politiques européennes et celles d'organisations sous régionales telles que l'UEMOA et la CEDEAO. Une modélisation économétrique permet de manière complémentaire de tester les conditions d'adoption micro-économique et d'implémentation des inno