L'enjeu de la protection des cultures est aujourd'hui de passer d'une démarche curative a base agrochimique a une démarche de prévention des dommages occasionnes par les ennemis des cultures, basée sur un fonctionnement écologique plus équilibre et durable des agrosystèmes. Cette approche s'appuie sur une gestion agroécologique des communautés végétales et animales, a des échelles de temps, d'espace et de gestion élargies. Cet article rappelle d'abord les bases de l'agroécologie et sa déclinaison a la protection des cultures, à travers le concept de ? protection agroécologique des cultures ?. Celui-ci s'appuie sur trois piliers : la prophylaxie, la lutte biologique de conservation et la gestion des habitats, favorisant le rôle de la biodiversité fonctionnelle dans les agroécosystèmes. L'impact positif de la protection agroécologique des cultures est montre à travers les retours d'expériences de deux projets de Recherche & Développement qui se sont déroulés à La Réunion, en culture maraîchère (GAMOUR) et en culture fruitière (Biophyto). L'effet de la protection agroécologique des cultures sur la biodiversité fonctionnelle est illustre par quelques exemples dans les agroécosystèmes à base de manguiers a La Réunion.