La co-conception de systèmes agricoles innovants est une piste prometteuse pour répondre au défi de l'innovation, notamment pour les exploitations agricoles familiales africaines confrontées à de multiples changements. Mais il faut penser à la place et aux rôles tenus par de multiples acteurs (agriculteurs, conseillers, chercheurs) pour produire les changements souhaités par toutes les parties, et donc réfléchir à la question du partenariat dans le processus. Cet article présente la démarche de conception en partenariat de systèmes agricoles innovants (CPSAI) élaborée entre 2005 et 2015 dans l'ouest du Burkina Faso, notamment sur la gestion de la fumure organique des cultures. La CPSAI s'appuie sur un dispositif partenarial formalisé et sur une démarche progressive en trois phases itératives : (1) exploration et formalisation du partenariat, (2) conceptions et test des options de changement, (3) bilan et désengagement. Les résultats obtenus montrent que l'innovation est plus efficace et durable quand elle est le produit d'un travail partenarial.