Dans le marché mondial des cacaos fins, la production de l'Equateur avec la variété appelée "Nacional" est la plus importante. Cette variété native du pays est réputée par son gout et arome floral dénommé "Arriba". Cette étude vise à caractériser les gènes exprimés dans les fèves de 5 clones commerciaux équatoriens hybrides Nacional et ayant des propriétés aromatiques variables. Pour cela, des analyses RNAseq ont été engagées à partir d'un pool de fèves récoltées après 18, 20 et 22 semaines après fécondation et 24H et 48H après fermentation. Les banques d'ADNc ont été séquencées sur séquenceur Hiseq ILLUMINA et les analyses bioinformatiques ont été conduites sur le génome de référence Criollo B9761/B2 1. Les analyses d'expression ont permis d'identifier un ensemble des gènes exprimés dans chacune des conditions et de quantifier l'expression de gènes impliqués dans les voies de biosynthèse des terpenoides et des composés phénoliques, composés biochimiques importants dans la qualité des fèves (Sabau, com.pers 2). L'analyse a également permis de préciser l'expression de gènes précédemment analysés par macroarray (Sabau, com. pers 2). Par ailleurs, les analyses d'expression différentielle réalisée avec des logiciels telles que Cufflinks et EdgeR, n'ont pas permis d'atteindre une résolution suffisamment importante pour identifier des différentiels d'expression associés à ces voies de biosynthèse, suggérant la nécessité de complémenter l'étude en incluant d'autres variétés contrastantes et des répliques biologiques.