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Le pouvoir pathogène chez Ralstonia solanacearum phylotype II : génomique intégrative et paysages transcriptomiques en relation avec l'adaptation à l'hôte

Ailloud F.. 2015. Saint-Denis : Université de la Réunion, 222 p.. Thèse de doctorat -- Microbiologie. Phytopathologie.

Ralstonia solanacearum est une bactérie phytopathogène à la gamme d'hôte exceptionnellement large et à la répartition mondiale. Cet organisme présente une biologie à facettes multiples et s'est adapté à quasiment tous les types de sols, à la vie planctonique, et à de nombreux hôtes et plantes réservoirs. Cette capacité d'adaptation est attestée par une très forte hétérogénéité des souches qui unifient ce complexe d'espèces, aussi bien au plan de la diversité génétique, phénotypique, que de la gamme d'hôte. Des approches phylogénétiques ont montré une structuration de la population mondiale en quatre phylotypes qui correspondent globalement à l'origine géographique des souches. Les travaux de thèse portent sur des souches du phylotype II qui ont valeur de modèle expérimental car épidémiologiquement inféodées à un hôte particulier : souches Moko pathogènes du bananier, souches "Brown rot" adaptées à la pomme de terre et souches émergentes NPB, un variant du pouvoir pathogène. La question de recherche centrale porte sur la compréhension des mécanismes d'adaptation à l'hôte. Pour cela, une dizaine de génomes ont été séquencés dans une perspective (i) de revisiter la taxonomie de ce complexe d'espèce, (ii) d'en faire une analyse génomique comparative et (iii) d'analyser les paysages transcriptomiques produits lors de l'infection (in)planta). L'ensemble de ces approches complémentaires permettent ainsi d'intégrer la complexité génétique et phénotypique de l'organisme de manière plus systémique. (Résumé d'auteur)

Mots-clés : bioinformatique; pcr; hybridation; séquence nucléotidique; transcription génique; taxonomie; provenance; distribution géographique; phénotype; Écotype; pathotype; Épidémiologie; génétique des populations; phylogénie; génie génétique; pouvoir pathogène; plante hôte; adaptation; ralstonia solanacearum; monde; réunion; séquencage

Thématique : Maladies des plantes

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