Avec la globalisation des échanges et la nécessité de répondre à de nouveaux enjeux liés au changement climatique et à la crise énergétique, les agricultures africaines sont sollicitées pour produire de nouvelles cultures. L'introduction de ces dernières dans les espaces productifs a connu des succès, comme le cas de l'anacarde (noix de cajou) en Afrique de l'Ouest ou des déconvenues, comme c'est actuellement le cas du jatropha dans toute cette région. Ces résultats ont des intensités, des rationalités, des formes, des trajectoires diverses en fonction des espaces dans lesquels ils ont lieu. Ainsi au sein d'un même pays, certaines régions s'empareront de ces cultures alors que d'autres les rejetteront plus ou moins rapidement. Comprendre les raisons de ces succès et échecs en relation avec leur localisation est un enjeu majeur pour accompagner au mieux ces changements. Ainsi, cette thèse questionne la forme et la dynamique d'une innovation agricole au regard de son ancrage territorial. Actuellement, le concept de Système d'Innovation (SI) offre un cadre d'analyse systémique des processus d'innovations. Mais ce dernier est généralement appliqué à des échelles nationales ou sectorielles ; la dimension territoriale n'y est que rarement prise en compte. L'objectif de cette thèse est de construire un cadre d'analyse territorial de l'innovation selon une approche fonctionnaliste, permettant d'identifier les fonctions que le SI et le territoire doivent activer conjointement pour que l'innovation puisse se diffuser. Ce cadre a été construit à partir de la littérature et d'observations de terrain avant d'être appliqué aux cas de l'anacarde et du jatropha dans le sud-ouest du Burkina Faso. La démarche mise en place, allie des enquêtes, une analyse spatiale de l'innovation et une grille d'évaluation des relations entre fonctionnement du SI et fonctionnement des territoires. Les résultats mettent en évidence des facteurs de blocage et les synergies expliquant le degré d'adoptio