La Gobernanza Territorial (GT) se ha convertido en un reto para la implementación de políticas públicas y la necesidad de los actores del desarrollo territorial. En este trabajo se presenta un marco analítico de gobernanza territorial construido como parte de un proyecto de investigación multidisciplinar centrado en el tema de las innovaciones organizacionales en los acuerdos de gobernanza. La proposición metodológica surge primero construyendo una definición operacional común al equipo de investigación y luego la traducción en guía de análisis. Proponer una guía no es un ejercicio fácil si se quiere tener en cuenta las especificidades de las situaciones locales. De hecho, los dispositivos y las instrumentos son contextuales y la gobernanza plural, producto de los objetivos y las dinámicas pasadas. Estas pueden surgir de una estrategia de explotación o de exploración. Ilustramos la capacidad operativa de la metodología apoyándonos en un trabajo de campo realizado a cabo en tres situaciones contrastadas de gobernabilidad en la región de Languedoc-Rosellón.