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Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum appliquée à l'épidémiologie du flétrissement bactérien de la pomme de terre à Madagascar

Ravelomanantsoa S.. 2016. Saint Denis : Université de la Réunion, 238 p.. Thèse de doctorat -- Microbiologie. Phytopathologie, Thèse de doctorat -- Microbiologie. Phytopathologie.

Nous avons exploré la diversité génétique du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) pour caractériser et comprendre les graves épidémies de flétrissement bactérien qui sévissent à Madagascar. Une large collection de souches (n = 12 24; 75 sites) est constituée. Les souches sont assignées aux phylotypes I, III, et la grande majorité associée à l'épidémie appartiennent au groupe IIB-1 ("Brown rot" des anglo-saxons) signalé pour la première fois à Madagascar. L'approche MLVA (RS2 - MLVA9) a révélé leur apparenté aux souches IIB-1 distribuées mondialement, suggérant ainsi une introduction malheureuse à Madagascar. Trois populations clonales se propagent par des tubercules infectées. Cette étude a également permis de définir pour la première fois la structure des populations des souches du phylotype III. Le génotypage des souches malgaches du phylotype III, avec le schéma hautement résolutif RS3-MLVA16 que nous avons développé, a révélé une forte diversité génétique structurée géographiquement en onze populations clonales bien différenciées. Cette structure reflète un caractère endémique des populations suggérant l'absence de transmission par tubercules. Les souches malgaches sont différentes de celles d'Afrique continentale. Les souches IIB-1 et III présentent deux modèles épidémiologiques différents. Les variétés de pomme de terre cultivées à Madagascar n'ont montré aucune résistance génétique vis-à-vis du panel de souches malgaches. Cependant, dans nos conditions expérimentales les accessions du CIP 720118 et 800934 sont résistantes aux souches I-31 non détectées pour l'instant à Madagascar, mais prévalentes dans l'Océan Indien. Nous disposons ainsi d'un outil robuste pouvant être appliqué à l'étude du phylotype III, d'une vue globale de la structure des populations et d'épidémiologie du ceRs. (Résumé d'auteur)

Mots-clés : génotype; variété; résistance génétique; résistance aux maladies; variation génétique; Épidémiologie; flétrissement; ralstonia solanacearum; solanum tuberosum; madagascar; flétrissement bactérien

Thématique : Maladies des plantes; Génétique et amélioration des plantes

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