La présente invention concerne l'utilisation de l'aprotinine dans le traitement des maladies ou infections parasitaires animales qui affectent les mammifères domestiqués, en particulier le bétail, notamment les bovins. En particulier, l'aprotinine trouve application dans la lutte contre les effets pathogènes induits par les parasites de la famille des Trypanosomatidae, tels que les protozoaires appartenant au genre Trypanosoma ou au genre Leishmania. L'invention concerne également l'utilisation de l'aprotinine pour le pronostic de la tolérance bovine aux infections trypanosomiennes.