Selon le procédé, dans un espace clos (1), on fait s'écouler l'effluent et le substrat en deux flux de directions contraires et sensiblement horizontales. Le débit de circulation de l'effluent est tel qu'on évite toute fermentation en particulier anaérobie et toute biodégradation significative consécutive de l'effluent en retenant par contre dans le substrat cellulosique sortant de l'installation une grande partie des matières organiques et des polluants minéraux contenus dans l'effluent tels que l'azote, le phosphore et les métaux en particulier lourds. L'invention s'applique bien aux effluents d'élevage.