La chimie a connu un fort développement en agriculture après la seconde guerre mondiale. Les engrais minéraux et les pesticides ont respectivement permis d'augmenter les rendements et de réduire les pertes dues aux maladies et ravageurs. Mais avec le temps une banalisation de leur usage s'est installée. Ainsi, malgré la dangerosité des intrants chimiques, de mauvais usages se sont développés. Des enquêtes conduites sur les pratiques agricoles (Diop et al., 2016) révèlent ainsi de trop grands volumes appliqués, des fréquences d'application excessives, des modes de traitement inappropriés, un mauvais choix des intrants face aux besoins réels, le non-respect des délais avant récolte… Ces dérives induisent des inquiétudes pour l'environnement et pour la santé. Elles se traduisent par l'émergence de l'Agriculture Biologique qui rejette tout usage de produits de synthèse. Toutefois cette rupture dans le mode de production génère une augmentation du prix de vente justifiée par une meilleure qualité sanitaire et une baisse des rendements. En conséquence, cette production ne bénéficie qu'à une frange aisée de la population. La transition agro-écologique est une voie plus progressive vers une agriculture saine et durable bénéficiant à tous. L'agro-écologie repose sur l'utilisation des principes et concepts issus de l'écologie afin de profiter des interactions naturelles bénéfiques (Gliessman, 2007). Tout en privilégiant les pratiques alternatives, l'agro-écologie n'exclut pas les intrants chimiques voire offre même de nouvelles orientations à la chimie. Les matières organiques révèlent par exemple des déséquilibres en éléments nutritifs qu'il faut corriger pour répondre aux besoins des plantes. Par ailleurs l'identification et la production des molécules en jeu dans l'interaction entre les organismes vivants (écologie chimique) permettraient de lever certaines difficultés dans la mise en oeuvre de certains services écosystémiques (Push-pull). Enfin l'amélioration de la produc