Identifier les effecteurs du système de sécrétion de type IV (SST4) des Anaplasmataceae, et élucider leurs fonctions à l'intérieur de la cellule hôte pour manipuler les voies de signalisation et l'immunité de l'hôte, est crucial pour concevoir des alternatives thérapeutiques contre ces bactéries zoonotiques. De même la plasticité génomique des bactéries intracellulaires obligatoires, via les transferts géniques horizontaux ou des évènements de recombinaison, semble jouer un rôle majeur dans l'évolution de cette bactérie, son adaptation à des conditions environnementales changeantes et la colonisation de nouvelles niches écologiques (hôtes). En utilisant les outils déjà disponibles et en développant de nouvelles méthodes analytiques, l'objectif de cette thèse a été de mieux comprendre quels sont les facteurs génomiques associés à la virulence bactérienne mais aussi à la spécificité d'hôte. Plusieurs approches menées en parallèle ont permis i) de prédire les effecteurs du systéme de sécrétion de type IV (SST4) chez les bactéries, ii) d'identifier les répertoires d'effecteurs en lien avec la virulence bactérienne au sein de l'espèce Ehrlichia chaffeensis, iii) d'identifier les répertoires d'effecteurs en lien avec la spécificité d'hôte au sein du genre Ehrlichia et iv) de développer de nouvelles méthodes d'analyse de l'évolution de l'architecture des génomes et mieux comprendre le concept de plasticité génomique. Nous avons développé une seconde version (S4TE 2.0) du logiciel S4TE (Searching Algorithm for Type 4 secretion system Effectors) qui a consisté en la création d'une interface web et de nouveaux programmes, la construction de plusieurs bases de données et la gestion de leurs interactions entre elles, le site web, et le cluster de calcul. Ce logiciel permet des prédictions de qualité des effecteurs du SST4 mais comporte aussi des outils de génomique comparative. Le travail a ensuite consisté en l'identification des répertoires d'effecteurs chez Ehrlichia chaffee