Les forêts intertropicales constituent une source exceptionnelle de diversité biologique spécifique en macro-organismes, mais elles se révèlent être aussi de véritables pépinières en micro-organismes. Ces cinquante dernières années, certains de ces micro-organismes, à l'origine présents chez des animaux forestiers ou hébergés dans l'environnement comme le sol ou l'eau, se sont dévoilés être des agents pathogènes plus ou moins sévères pour les populations humaines exposées. Dans cet article, nous discutons des interactions hôtes-micro-organismes rencontrées dans les forêts primaires en les abordant tant d'un angle macroécologique que d'un point de vue plus fonctionnel, en l'illustrant de quatre exemples d'agents microbiens émergents. Plus que tout autre déterminant, les modifications d'usages des sols, notamment au travers de la déforestation pour le développement d'une agriculture, et les contacts avec les micro-organismes via la biodiversité, particulièrement lors de la pratique de chasse, exposent des individus susceptibles à ces nouveaux dangers micro-biens. Avec la déforestation et des expositions croissantes avec la faune sauvage, le risque de nouvelles infections humaines devient une réalité internationale exigeant de la part des autorités publiques de mieux prendre en considération ces éléments pour la sécurité sanitaire mondiale.