Cette thèse est une contribution à la compréhension de l'influence de l'Homme sur la dynamique de la diversité génétique de l'amandier Prunus dulcis au Liban, centre de diversification de l'espèce. Cette espèce auto-incompatible a longtemps été propagée par semis, puis par greffage. La démarche interdisciplinaire suivie fait appel à la biologie des populations et à l'anthropologie. Cette étude comprend trois parties: dans la première partie, nous avons cherché à comprendre les processus de diversification de l'amandier cultivé en se basant sur des évidences archéologiques puis historiques et sur les connaissances sur la biologie évolutive de l'amandier dans le Bassin Méditerranéen. Nos résultats permettent de distinguer l'impact de différentes périodes d'introduction d'amandiers au Liban sur la structure de la diversité génétique des vergers actuels. La deuxième partie, a permis d'évaluer l'importance culturelle de l'amandier cultivé au Liban, et d'identifier sa diversité intra-spécifique telle qu'elle est perçue par les informateurs. Nos résultats montrent une hétérogénéité des connaissances des informateurs qui nous a permis de mettre en évidence une taxonomie locale flexible. Nous avons identifié deux variétés phares. Dans la troisième partie, nous avons évalué l'effet du changement de pratiques de propagation sur la structuration et la dynamique de la diversité génétique. Nos résultats montrent que la diversité génétique du cultivar traditionnel " Khachabi ", propagé par semis, est structurée géographiquement. Par contre, la diversité du second cultivar, " Halwani " introduit anciennement, est structurée en deux pools génétiques en lien avec les pratiques mixtes de multiplication qui incluent semis et greffage. Cette thèse montre comment l'évolution des pratiques interagit avec la biologie de l'amandier pour en façonner la diversité. L'amandier a longtemps été propagé par voie sexuée. L'introduction du mode de propagation par greffage a été adoptée graduellement