Depuis 1960, les émergences des maladies de plantes ont drastiquement augmenté avec l'intensification de l'agriculture, du transport des humains et des plantes et les changements environnementaux. Dans ce nouveau contexte géo-économique et avec l'augmentation des populations mondiales, l'étude et la modélisation des paramètres d'émergence des maladies permettent de mieux comprendre les émergences contemporaines mais aussi d'anticiper de nouvelles émergences. Des études récentes ont montré que des acides nucléiques viraux plus ou moins intacts pouvaient être présents dans des échantillons issus de collections d'herbiers. L'identification de virus conservés dans ces collections d'herbiers apparaît donc primordiale afin d'estimer l'origine des virus contemporains en nous renseignant sur la diversité virale passée et en datant les événements de divergence des principaux groupes viraux isolés de nos jours. Notre travail de recherche s'appuiera sur des techniques moléculaire et bio-informatiques de métagénomique afin d'identifier sans a priori des acides nucléiques viraux " fossiles " à partir d'échantillons végétaux anciens conservés dans des herbiers, de reconstituer leur phylogénie et si possible, de reconstituer leurs génomes et de les corréler avec les lignées virales actuelles.