Les tourteaux de colza et de tournesol, principalement utilisés en alimentation animale pour leur forte teneur en protéines, représentent des sources d'acides phénoliques aux propriétés antioxydantes et bioacives variées mais peu valorisées à ce jour. Par ailleurs, les procédés de séparation de ces composés sont basés sur des extractions par solvants qui génèrent des effluents et impactent l'intégrité des autres composants des matières premières. La première partie de ce travail de thèse a été consacrée au développement de nouveaux procédés de séparation de la fraction phénolique des tourteaux de colza et de tournesol. Après un broyage adéquat des tourteaux, le fractionnement par tri électrostatique et turbo-séparation a permis d'obtenir des fractions enrichies en protéines et composés phénoliques. Dans les deux cas, l'état granulométrique des tourteaux broyés a été déterminant. Le tri électrostatique a conduit aux plus forts taux d'enrichissement en protéines et composés phénoliques (jusqu'à deux fois la concentration dans les tourteaux) avec des rendements de l'ordre de 30% après recyclages. Cette étape a été suivie par l'extraction de la fraction phénolique par des mélanges hydro-alcooliques " verts " à base d'éthanol, en substitution au méthanol. Dans la deuxième partie, nous nous sommes intéressés à la production enzymatique des acides sinapique et caféique, à partir des tourteaux ou de leurs extraits. Trois cinnamoyl estérases recombinantes d'A. niger aux activités et spécificités différentes ont été testées. L'hydrolyse des tourteaux non traités thermiquement s'est traduite par une dégradation des composés phénoliques par des enzymes endogènes. Le problème a pu être contourné en réalisant l'hydrolyse sur l'extrait phénolique des tourteaux avec néanmoins, dans le cas du colza, l'existence de réactions secondaires néfastes au rendement en acide sinapique. La dernière partie a consisté en la synthèse de mono- et di-esters d'acide sinapique et caféique avec diffé