O Estudo de Associação Genômica Ampla (Genome-Wide Association Studies – GWAS) surgiu com o intuito de capturar o efeito de genes na determinação de determinada característica fenotípica. Para isso, os indivíduos selecionados são genotipados em escala genômica e fenotipados para as características de interesse e então, a partir de análises estatísticas entre os polimorfismos de DNA e a variação no fenótipo, os genes que controlam essas características podem ser identificados. Por se tratar de uma espécie perene e de ciclo longo, os programas de melhoramento genético convencional do cafeeiro são demorados (vários anos) e de custo elevado. A geração de cultivares superiores via melhoramento genético ainda lida com o desafio de agregar simultaneamente diversas características quantitativas de relevância agronômica, assim como a qualidade de bebida. Neste contexto, na tentativa de identificar genes/regiões genômicas associadas à características agronômicas importantes, 1.319 indivíduos da Embrapa Cerrados foram genotipados e fenotipados, e posteriormente, realizou-se um estudo de GWAS com os softwares TASSEL e rrBLUP. Um número diferente de marcadores associados foi identificado com as duas estratégias utilizadas. Foram identificados marcadores tanto em regiões intergênicas como em regiões gênicas, sendo que, nesta última, os marcadores estavam presentes em genes já caracterizados e descritos na literatura para outras espécies como estando relacionados às características agronômicas aqui analisadas.