L'écologie des virus végétaux a commencé à être explorée à la fin du xixe siècle. Depuis lors, des avancées majeures ont mis en évidence de complexes interactions virus-hôte-vecteur dans des environnements variés. Ces progrès ont été accélérés par de nouvelles technologies de détection et de caractérisation des virus, dont la dernière en date est le séquençage à haut débit (HTS). Les technologies HTS permettent, pour la première fois, de caractériser sans information préalable le virome, c'est-à-dire l'ensemble des virus présents dans un échantillon. Ces travaux de phytoviromique basés sur les technologies HTS ont récemment produit d'importants résultats. À titre d'exemples, on peut citer la mise en évidence des influences réciproques entre la dynamique des phytovirus et la structure des communautés hôtes multi-espèces ou des effets de la simplification des écosystèmes causés par les activités humaines sur la biodiversité et l'émergence de nouveaux virus dans les cultures. Cependant, pour être efficaces, les études de phytoviromique doivent surmonter des défis à chaque étape de la procédure, depuis l'échantillonnage des plantes jusqu'aux analyses bio-informatiques. Cette revue résume tout d'abord les progrès historiques majeurs de l'écologie des virus végétaux réalisés en association avec les développements technologiques, puis précise les éléments clés à considérer pour tenter de se projeter à court terme vers des études sans a priori d'écologie des communautés virales.