Depuis la commercialisation du coton Bt, la question de la pureté des semences utilisées par les producteurs est peu abordée, encore moins en relation avec l'analyse du système semencier dans le pays concerné. Cet article étudie le cas du Burkina Faso en 2015, pays où la couverture des surfaces en coton transgénique avec deux gènes Bt est restée partielle, jusqu'à sa suspension décidée la même année. En se basant sur les seuils de présence de gènes Bt retenus dans l'étude pour déclarer la nature conventionnelle ou transgénique des parcelles échantillonnées, 29,3¿% des parcelles supposées conventionnelles l'étaient effectivement, alors que 92,6¿% des parcelles supposées transgéniques l'étaient effectivement. Par contre, seulement 40¿% des parcelles supposées transgéniques l'étaient bien si l'on se base sur le seuil de présence de gènes Bt attendu dans des parcelles transgéniques effectivement installées avec des semences Bollgard¿II suffisamment pures. L'examen du système semencier permet de lui attribuer une partie des défauts de pureté observés. Par ailleurs, si l'on considère la chronologie des événements jusqu'à la livraison des semences transgéniques par Monsanto, ces semences ne pouvaient pas contenir systématiquement les deux gènes Bt. Un tel défaut initial s'est maintenu, voire accentué par la suite. Il a certainement réduit dès le départ l'efficacité du coton Bt et, pis encore, la durabilité de son utilisation en facilitant la sélection de ravageurs résistants à chacun des deux gènes utilisés, voire simultanément aux deux. Le cas étudié souligne l'importance, pour l'efficacité et la durabilité de l'utilisation des semences transgéniques, d'avoir un système semencier qui assure et préserve la pureté des semences produites. Il révèle aussi, indépendamment de l'utilisation de ces semences, le besoin d'ajuster le système internalisé de production de semences cotonnières en Afrique francophone.