Le sol est un compartiment clé dans le cycle global du carbone, à la fois par son réservoir, 2 à 3 fois supérieur à celui de l'atmosphère, et par ses flux entre terres émergées et atmosphère. Dans le cadre de la mise en place de politiques d'atténuation du changement climatique, il est nécessaire de mieux connaitre les stocks de carbone organique du sol (COS) et leurs variations lors de changements d'usages. L'évaluation du stock du carbone organique du sol à l'échelle territoriale étant un enjeu méthodologique, il est proposé une méthodologie simple et à bas coût de mesure de la teneur en COS, de la densité apparente et du stock de COS par spectroscopie proche et moyen infrarouge in situ et au laboratoire. Afin de cartographier et quantifier les stocks de carbone organique des sols agricoles de La Réunion, une méthodologie de stratification du territoire en unités pédoclimatiques a été développée. La spectroscopie moyen infrarouge, couplée à une classification non supervisée, a montré son efficacité pour définir des unités pédologiques homogènes (discriminantes) selon un gradient d'altération caractéristique de la pédogenèse en zone volcanique tropicale de La Réunion. En s'appuyant sur les résultats de la stratification du territoire, le calcul des stocks de COS a montré des stocks de carbone organique très élevés pour les sols agricoles de La Réunion (sous canne à sucre, culture majoritaire de l'île, le stock moyen de COS est de 131 MgC ha-1) mais vulnérables aux changements d'usages, notamment lors de changement d'usage de la canne à sucre vers une culture maraichère ou une culture d'ananas (déstockage de COS allant de -14 à -41 % du stock initial de COS). Afin d'évaluer les bilans de gaz à effet de serre (GES) de différents scénarios de changement d'usage des terres agricoles, les variations de stocks de carbone organique du sol selon les changements d'usages agricoles ont été calculées par unité pédoclimatique puis utilisés comme facteur d'émissions Tier 2 dans