Depuis la sédentarisation de l'agriculture, l'innovation variétale joue un rôle essentiel dans la transformation des systèmes agricoles et alimentaires. En Afrique, malgré les efforts consentis pour soutenir la révolution verte à partir de semences dites améliorées, ces dernières restent faiblement utilisées. L'objectif de cette thèse est d'analyser les mécanismes de gouvernance de l'innovation variétale en Afrique. En mobilisant un cadre d'analyse institutionnelle et évolutionniste, cette thèse questionne l'évolution et le rôle des institutions semencières, et la capacité à innover des organisations dans deux pays que sont Madagascar et Burkina Faso. La thèse mobilise une approche de recherche participative, structurée par 75 entretiens semi-directifs, l'organisation de forums multi-acteurs, et une enquête auprès de 148 agriculteurs. Nos résultats montrent que les processus de création ou d'introduction de nouvelles variétés dépendent d'abord des capacités d'innovation des organisations des systèmes semenciers. Les défaillances de ces systèmes dans l'offre de semences aux agriculteurs, la non mise en application des protocoles de biosécurité, le faible contrôle de la qualité de semences, sont documentés. Elles sont autant de freins à l'adoption et l'usage de nouvelles variétés. Par ailleurs, la faiblesse des services intermédiaires (structures de vulgarisation, organisations de producteurs) limite l'accès à l'information par les agriculteurs sur de nouvelles variétés qui seraient disponibles. Nous démontrons ensuite que les trajectoires d'innovations variétales sont pilotées par des situations d'hybridation entre les systèmes semenciers officiel et non officiel. Ces situations sont impulsées par la société civile à travers des plaidoyers, la formation et l'information de la société, la création de catalogues provinciaux de semences paysannes, et la modification des lois liées à la commercialisation des semences. Au regard de ces analyses, nous proposons une gouvern