Les invasions biologiques menacent la conservation de la biodiversité mondiale, notamment en milieu insulaire comme La Réunion où se trouve les plus grandes reliques de végétation naturelle de l'archipel des Mascareignes. Sous l'impulsion du département de La Réunion, un partenariat a été initié réunissant gestionnaires, décideurs et scientifiques afin de mieux coordonner la lutte contre les espèces végétales envahissantes sur le territoire. Cette thèse, qui s'inscrit dans ce partenariat, a pour objectif principal d'améliorer les connaissances quant à l'état de conservation des milieux naturels afin de prioriser spatialement les actions de lutte contre les plantes exotiques. La thèse comporte trois axes de recherche : 1) la quantification du degré d'invasion à une échelle régionale comme outil d'aide à la décision ; 2) la quantification du degré d'invasion à une échelle locale comme outil d'aide à la gestion ; et 3) la priorisation spatiale des actions de lutte à partir de critères biologiques et opérationnels. Elle se termine sur une réflexion de l'approche transdisciplinaire utilisée à l'interface entre science et gestion. Le degré d'invasion des milieux naturels a été quantifié à deux échelles différentes : régionale (La Réunion) et locale (massifs de Mare Longue et du Volcan). La quantification du degré d'invasion à l'échelle régionale a sollicité en plus des données d'inventaire obtenues grâce au large effort partenarial mis en place ; l'intervention d'experts et le recours à la modélisation. Ainsi les résultats ont montré que 85% de la végétation indigène était envahie dans des proportions différentes, notons que plus de 50% de la végétation reste tout de même peu à pas envahie. A l'échelle locale, un protocole terrain a été mis en place permettant de quantifier le degré d'invasion des trois strates structurantes de l'habitat ; à savoir les strates herbacées, arbustives et arborées. Au travers d'analyses de cluster et de krigeage, une nouvelle cartographie du