Environ 300 génotypes de cacao furent étudiés à l'aide de marqueurs moléculaires afin d'évaluer la structure de la variété génétique. Ces génotypes appartiennent aux divers groupes morpho-géographiques de l'espèce: Forastero d'Equateur, du Pérou, de Colombie, d'Amazonie vénézuélienne, du Brésil et de la Guyane française; Trinitario d'origines varices et Criollo du Vénézula essentiel lement, recueillis dans les plus vieilles plantations et correspondant au "pur" type de Criollo. Des échantillons de 13 espèces sauvages apparentées provenant des genres Herraffla et Theobroma furent également inclus dans les analyses. 30 sondes RFLP furent utilisées pour cette étude. Une analyse factorielle de correspondance ainsi qu'une analyses de groupe furent également utilisées. Les marqueurs RFLP étant codominants, il fut possible d'évaluer les niveaux d'homozygotie et de d'hétérozygotie de chaque génotype. Une structuration de la variété se révéla, avec la séparation du groupe Forastero du goupe Criollo malgré l'existance de types intermédiaires, particulièrement des types Trinitario correspondant à des types hybrides. Les marqueurs RFLP permirent d'identifier un type de Criollo fortement homozygote réunissant plusieurs types morphologiques de Criollo (pentagona, cundeamor, porcelana) et qui pourrait correspondre aux variétés "ancestrales" de Criollo cultivé. La taille du génome fut évalué par cytométrie de flux pour les différents types de cacaoyers et 13 espèces sauvages apparentées appartenant aux genres Theobroma et Herrania. Des variations de taille du génome purent être observées entre les différentes espèces: de 0,36 pgllC à 0,50 pgllC pour les gènes de Theobroma et entre 0,31 pgllC et 0,36 pgllC pour ce qui est des espèces Herrania.