Une carte complète des linkages de Theobroma cacao fut établie. Une population hybride test de 100 individus fut produite par un croisement entre deux génotypes hétérozygotes: UPA 402, un Forastero haut-amazonien, et UF 676, un génotype Trinitario. Plusieurs type de marqueurs furent utilisés pour le traçage de la carte, et le logiciel Join Map fut utilisé pour son analyse. Cette carte comprenait plus de 300 marqueurs: - RFLP: un génornique ainsi qu'une bibliothèque d'ADN ac furent établis et 160 marqueurs RFLP furent inscrits sur la carte. - RAPD: les amorces d'Operon tech. furent utilisés pour cette étude qui fournit 28 points sur la carte; - Isozymes: 5 enzymes furent inscrits sur la carte; - AFLP: environ 100 marqueurs AFLP furent localisés sur la carte. Cette carte comprend 10 groupes de linkages correspondant au nombre de chromosomes putatifs de T. cacao, et se trouve désormais complètement saturée. Elle est actuellement utilisée pour les analyses de LCQ concernant la résistance à Phytophthora et autres caractères agronomiques ou qualitatifs.